면세사업용 건물을 매입하며 부가가치세를 전달했는데, 등기 후 세금계산서 신고가 불가능하여 부가가치세를 환급받는 것이 세무상 문제가 없는지 궁금합니다.

면세사업에 사용하기 위해 취득한 건물에 대해 부담한 부가가치세는 원칙적으로 매입세액 공제 대상이 아니며, 이를 환급받는 것은 세무상 문제가 될 수 있습니다.

부가가치세법상 매입세액 공제는 과세사업을 위해 사용하거나 사용할 목적으로 재화나 용역을 공급받는 경우에만 가능합니다. 면세사업은 부가가치세가 과세되지 않는 사업이므로, 면세사업을 위해 지출한 비용에 포함된 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없으며, 해당 매입세액은 취득가액에 가산하여 처리해야 합니다.

만약 매입세액 공제 대상이 아님에도 불구하고 이를 공제하여 부가가치세를 환급받는다면, 추후 과세관청의 세무조사나 결정·경정 과정에서 부당하게 환급받은 세액과 함께 가산세가 추징될 수 있습니다.

다만, 향후 해당 건물을 과세사업으로 전환하여 사용하는 경우에는 '과세전환 감가상각자산 매입세액 공제' 제도를 통해 경과된 과세기간을 고려하여 일정 금액을 매입세액으로 공제받을 수 있는 방법이 있습니다. 이 경우 과세사업으로 전환하는 날이 속하는 과세기간의 확정신고 시 '과세사업전환 감가상각자산 신고서'를 제출해야 합니다.