의료재단법인이 본점 이전을 위해 재산출연받은 부동산의 소유권 이전 등기 후 도청의 허가 불허로 인해 합의해제로 소유권을 반환한 경우, 처음에 납부한 취득세를 환급받을 수 있나요?

의료재단법인이 부동산을 취득하여 소유권 이전 등기를 마친 후, 관할 도청의 허가 불허로 인해 합의해제를 통해 소유권을 반환하더라도 이미 납부한 취득세는 환급받을 수 없습니다.

취득세는 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 부과하는 유통세의 일종으로, 일단 적법하게 취득행위가 이루어져 납세의무가 성립했다면 그 이후에 매매나 증여 계약이 합의해제되거나 소급적으로 실효되더라도 이미 성립한 조세채권에는 아무런 영향을 미치지 않습니다. 따라서 등기까지 완료된 상태에서 합의해제로 소유권을 반환하는 것은 당초의 취득행위와는 별개의 새로운 거래로 보며, 기납부한 취득세는 환급 대상이 아닙니다.

다만, 취득세 납세의무 성립 전(등기·등록 전)에 특정 서류(화해조서, 인낙조서, 공정증서, 계약해제신고서 등)를 통해 계약 해제 사실이 입증되는 예외적인 경우에는 취득한 것으로 보지 않으나, 귀하의 사례처럼 이미 소유권 이전 등기를 마친 경우에는 이러한 예외 규정이 적용되지 않습니다.