주사업장 총괄납부 제도는 납부세액과 환급세액을 통산하여 주된 사업장에서 한꺼번에 납부하거나 환급받는 납세 편의 제도일 뿐, 그 자체로 세액을 줄여주는 직접적인 절세 효과는 없습니다.
만약 행정 절차의 단순화와 더불어 내부거래 시 부가가치세 부담을 없애는 등 실질적인 절세 효과를 고려하신다면, '사업자 단위 과세 제도'를 검토해 보시는 것이 좋습니다. 사업자 단위 과세는 본점에서 일괄 신고·납부하며 내부거래가 과세 대상에서 제외되는 등 행정 관리와 절세 측면에서 더 포괄적인 이점을 가질 수 있습니다.