건강기능식품 영업신고 수수료는 국가나 지방자치단체가 제공하는 행정 서비스에 대한 수수료로서 부가가치세가 면제되는 거래이므로, 매입세액 공제를 받을 수 없습니다.
부가가치세법상 매입세액 공제는 사업자가 과세사업을 위해 재화나 용역을 공급받고 그 대가에 포함된 부가가치세를 부담한 경우에 가능합니다. 그러나 국가나 지방자치단체가 제공하는 인허가 등 행정 서비스에 대한 수수료는 부가가치세 과세 대상이 아니며, 따라서 이를 납부할 때 부담한 금액에는 공제할 매입세액이 포함되어 있지 않습니다.