법인 명의 부동산이 경매 진행 중이라 하더라도 관할 세무서에 폐업 신고를 하는 것 자체는 가능합니다. 다만, 폐업 신고는 부가가치세법상 사업 활동 중단을 알리는 절차일 뿐이며, 이로 인해 법인의 법인격이 소멸하거나 해산·청산 절차가 자동으로 앞당겨지는 것은 아닙니다.
법인을 완전히 정리하고자 하신다면 폐업 신고와 별도로 상법에 따른 해산 및 청산 등기 절차를 진행하셔야 합니다. 경매가 진행 중인 상황에서 법인 정리를 고려하신다면, 경매 배당 순위와 법인세 납부 의무 등을 종합적으로 고려하여 전문가의 도움을 받으시는 것을 권장합니다.