세금계산서를 발급한 간이과세자가 예정고지 세액을 납부한 후 예정신고를 이행한 경우, 이미 납부한 예정고지 세액은 확정신고 시 납부세액에서 차감하여 정산하게 됩니다.
세금계산서를 발급한 간이과세자는 예정부과기간(1월 1일 ~ 6월 30일)에 대한 과세표준과 납부세액을 7월 25일까지 신고·납부할 의무가 있습니다. 만약 이 과정에서 예정고지된 세액을 이미 납부하였다면, 해당 금액은 예정신고 시 기납부세액으로 공제받을 수 있습니다. 또한, 예정신고를 정상적으로 이행한 경우 관할 세무서장은 기존의 예정고지 처분을 취소하게 되며, 예정신고를 통해 확정된 세액으로 최종 정산이 이루어집니다.
참고로, 예정신고를 한 후 동일한 내용으로 확정신고를 하더라도 예정신고에 기초한 징수처분의 효력이 자동으로 소멸하는 것은 아니며, 확정신고 시 예정신고·납부한 세액을 기납부세액으로 반영하여 최종적인 납부세액을 계산해야 합니다.