제약회사인 위탁자와 IP 허가권자인 자회사 간의 관계에서 용역비 지급자를 제3자로 변경하여 세금계산서를 발행할 경우 세무상 문제가 없는지 궁금합니다.

제약회사인 위탁자와 IP 허가권자인 자회사(제3자) 간의 거래에서 용역비 지급자를 자회사로 변경하여 세금계산서를 발급하는 경우, 실질적인 용역의 공급받는 자가 누구인지에 따라 세금계산서 발급 대상이 결정되므로 주의가 필요합니다.

부가가치세법상 세금계산서는 재화나 용역을 실제로 공급받는 자에게 발급해야 합니다. 단순히 대금 지급자만 변경되었다고 하여 그 지급자를 공급받는 자로 보아 세금계산서를 발급할 수는 없으며, 실질적인 거래 당사자가 아닌 자에게 세금계산서를 발급할 경우 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 공제가 부인되거나 가산세가 부과될 위험이 있습니다.

주요 확인 사항

• 실질적 공급받는 자의 확정: 계약서상 명의와 관계없이 해당 용역을 실제로 제공받아 사업에 사용하는 주체가 누구인지가 중요합니다. 만약 제약회사(위탁자)가 용역을 제공받는 실질적 당사자라면, 대금을 자회사가 대신 지급하더라도 세금계산서는 위탁자 명의로 발급해야 합니다.
• 부당행위계산 부인 가능성: 모회사와 자회사 간의 거래는 특수관계인 간의 거래에 해당합니다. 만약 용역비 지급자를 자회사로 변경하는 과정에서 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우, 법인세법상 부당행위계산 부인 규정이 적용될 수 있습니다.
• 거래의 실질: 단순히 대금 지급 편의를 위해 지급자만 변경하는 것인지, 아니면 실제 용역의 수혜자가 자회사로 변경되는 것인지에 따라 세무 처리가 달라집니다. 후자의 경우라면 계약 관계 자체를 자회사와 용역 제공자 간의 직접 계약으로 변경하는 것이 타당합니다.

주의사항

• 사실과 다른 세금계산서: 실제 용역을 공급받지 않은 자에게 세금계산서를 발급하면 매입세액 불공제 및 가산세 대상이 됩니다. 특히 특수관계인 간의 거래는 과세관청의 면밀한 검토 대상이 되므로, 거래의 실질을 입증할 수 있는 계약서, 대금 지급 근거, 용역 수행 현황 등을 명확히 갖추어야 합니다.
• 전문가 검토 권장: 모회사와 자회사 간의 거래 구조 변경은 법인세법상 부당행위계산 부인 및 부가가치세법상 공급받는 자의 적정성 문제가 복합적으로 발생할 수 있습니다. 구체적인 계약 내용과 용역의 성격에 대해 세무 전문가의 검토를 받으시는 것을 권장드립니다.