계약상 공급받는 자와 실제 대금 지급자가 다를 때 세금계산서 발급 방법은 무엇인가요?

세금계산서는 계약상 또는 법률상의 원인에 따라 재화나 용역을 실제로 공급받는 자에게 발급하는 것이 원칙이며, 대금 지급자가 제3자라는 이유만으로 그 지급자를 공급받는 자로 보아 세금계산서를 발급할 수는 없습니다.

세금계산서 발급 원칙

• 실질 공급받는 자 기준: 세금계산서의 공급받는 자는 계약서, 대금 지급 관계, 거래의 실질 등을 종합적으로 고려하여 판단합니다. 모회사와 자회사 관계라 하더라도 계약상 용역을 제공받는 주체가 위탁자(제약회사)라면, 대금을 자회사가 대신 지급하더라도 세금계산서는 위탁자 명의로 발급해야 합니다.
• 사실과 다른 세금계산서 주의: 실제 용역을 공급받지 않은 자에게 세금계산서를 발급할 경우, 이는 '사실과 다른 세금계산서'로 간주되어 매입세액 공제가 부인되거나 가산세가 부과될 수 있습니다.

특수관계인 간 거래 시 유의사항

• 부당행위계산 부인: 모회사와 자회사 간의 거래에서 대금 지급자를 임의로 변경하는 행위가 조세 부담을 부당하게 감소시키는 것으로 판단될 경우, 법인세법상 부당행위계산 부인 규정이 적용될 수 있습니다.
• 거래 실질의 명확화: 단순히 대금 지급 편의를 위한 것이라면 계약서상 용역 수혜자를 명확히 하고 그 명의로 발급해야 하며, 만약 실제 용역의 수혜자가 자회사로 변경되는 것이라면 계약 관계 자체를 자회사와 용역 제공자 간의 직접 계약으로 변경하는 것이 세무상 리스크를 줄이는 방법입니다.

따라서 계약서상 용역을 공급받는 자가 누구인지 명확히 확인한 후 해당 명의로 발급하시기 바라며, 거래 구조 변경에 따른 법인세 및 부가가치세 영향에 대해 세무 전문가의 검토를 받으시는 것을 권장합니다.