기업부설연구소 인정이 취소되면 비과세 혜택도 즉시 중단되나요?

기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정이 취소되는 경우, 해당 사유에 따라 비과세 혜택 및 세액공제 적용이 중단되는 시점이 달라집니다.

연구개발비 세액공제와 관련하여 인정 취소 사유별 적용 배제 기준일은 다음과 같습니다.

1. 거짓 또는 부정한 방법으로 인정받은 경우: 인정일이 속하는 과세연도의 개시일부터 소급하여 세액공제 적용이 배제됩니다.
2. 연구개발활동이 없는 것으로 인정되거나 준수사항을 위반하여 취소된 경우: 인정취소일이 속하는 과세연도의 개시일부터 소급하여 세액공제 적용이 배제됩니다.
3. 자진취소, 폐업·폐쇄, 변경신고 미이행 등 일반적인 사유로 취소된 경우: 인정취소일 이후 발생하는 비용부터 세액공제 적용이 배제됩니다(비소급).

또한, 연구활동에 종사하는 직원이 받는 연구보조비 등의 비과세 혜택 역시 기업부설연구소 등의 인정이 취소된 경우 해당 시점부터는 더 이상 적용받을 수 없습니다. 따라서 인정 취소 사유가 발생하면 즉시 관련 세무 처리를 중단하고, 취소 사유별로 적용 배제 기준일을 정확히 확인하여 법인세 신고 시 반영해야 합니다.