비영리법인(재단) 연구소의 출자출연금과 보조금수입이 손익계산서상 매출에 포함되나요?

비영리법인이 수령하는 출자출연금이나 국고보조금은 원칙적으로 수익사업에서 발생하는 매출(영업수익)에 해당하지 않으므로, 손익계산서상 매출액에 포함하지 않는 것이 타당합니다.

비영리법인의 수익사업 여부는 해당 수입이 한국표준산업분류에 따른 사업에서 발생하는 대가성 있는 영업수익인지에 따라 결정됩니다. 이에 대한 주요 판단 기준은 다음과 같습니다.

1. 수익사업 해당 여부: 비영리법인이 국가 등으로부터 대가성 없이 수령하는 국고보조금, 출연금, 손실보상금 등은 법인세법상 수익사업에서 생기는 소득으로 보지 않습니다. 따라서 이러한 수입은 수익사업 회계의 매출로 계상하지 않습니다.
2. 매출 포함 예외: 다만, 비영리법인이 국가 등과 위·수탁협약을 맺고 사업을 수행하는 과정에서, 해당 사업의 손익이 실질적으로 비영리법인에 귀속되는 경우나, 용역 제공에 대한 대가로서 수령하는 금액은 수익사업의 매출로 보아 과세 대상이 될 수 있습니다.
3. 회계 처리: 수익사업에 해당하지 않는 국고보조금 등을 재원으로 자산을 취득하는 경우, 해당 자산가액은 '자본의 원입'으로 처리하며, 이를 수익사업에 전입하여 사용하는 경우 관련 감가상각비는 수익사업의 손금으로 산입할 수 있습니다.

따라서 귀 연구소의 출자출연금과 보조금이 대가성 없는 지원금인지, 아니면 특정 용역 제공의 대가인지 실질을 파악하여 구분 경리해야 합니다. 대가성이 없는 순수한 지원금이라면 매출이 아닌 별도의 회계 항목으로 처리하시기 바랍니다.