간이과세자는 2021년 7월 1일 이후 공급받거나 수입 신고하는 분부터 의제매입세액 공제 적용이 배제되므로, 현재 시점에서는 원재료 매입가액에서 의제매입세액을 차감하는 계산을 수행하지 않습니다.
과거 간이과세자로서 의제매입세액 공제를 적용받던 시기에는 면세농산물 등을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우, 매입한 원재료 가액에서 공제받은 의제매입세액 상당액을 차감하여 필요경비나 자산의 취득가액을 계산하였습니다. 이는 부가가치세법 및 소득세법·법인세법상 의제매입세액으로 공제받은 금액만큼을 실제 원재료 매입원가에서 제외하여 이중 공제를 방지하기 위함입니다.
현재 일반과세자로 사업을 영위 중이시라면, 면세농산물 등을 구입하여 제조·가공한 재화나 용역의 공급이 과세되는 경우에 한해 의제매입세액 공제제도를 활용할 수 있습니다. 이때 공제받은 의제매입세액은 해당 원재료의 매입가액에서 반드시 차감하여 회계처리하거나 세무조정 시 반영해야 합니다.