여행사가 해외출장과 관련하여 항공료, 숙박비 등 소요비용과 여행알선수수료를 구분하여 청구하는 경우, 여행사는 여행알선수수료에 대해서만 세금계산서를 발급할 수 있으며, 해당 수수료에 대해서만 매입세액 공제가 가능합니다.
여행업을 영위하는 사업자가 여행객에게 여행의 목적지와 기간만을 제시하고 비용을 구분하지 않은 채 총액으로 대가를 받는 경우에는 그 대가 전액이 부가가치세 과세표준이 되어 세금계산서 발급 대상이 될 수 있습니다. 그러나 이 경우에도 여행사가 대납한 항공료나 숙박비 등은 여행객이 부담해야 할 비용을 단순히 수탁받아 지급하는 성격이므로, 여행사가 발급한 세금계산서에 포함된 해당 비용에 대해서는 매입세액 공제를 받을 수 없다는 것이 국세청의 일관된 입장입니다.
따라서 실무적으로는 다음과 같이 처리하는 것이 적절합니다.
만약 여행사가 대납한 비용을 포함하여 총액으로 세금계산서를 발급받더라도, 해당 비용은 여행사의 과세사업과 직접 관련이 없는 비용으로 보아 매입세액 공제 대상에서 제외될 가능성이 매우 높으므로 주의가 필요합니다.