세금계산서 발급 기한이 지나 수정 발급을 통해 삭제한 경우, 공급가액에 대한 가산세를 납부해야 하나요?

세금계산서를 발급 기한이 지난 후 수정세금계산서 발급을 통해 당초 발급분을 삭제(취소)하더라도, 당초 발급 시점의 지연발급 또는 미발급에 따른 가산세는 면제되지 않으며 그대로 부과됩니다.

세금계산서 발급 의무는 재화 또는 용역의 공급 시기에 발생합니다. 발급 기한이 지난 후 수정세금계산서를 발급하여 당초 세금계산서를 취소하는 행위는 이미 발생한 발급 의무 위반 사실을 소급하여 없애주는 것이 아니기 때문입니다.

가산세 부과 기준은 다음과 같습니다.

• 지연발급 가산세(1%): 발급 기한이 지난 후 해당 공급 시기가 속하는 과세기간의 확정신고 기한까지 발급한 경우
• 미발급 가산세(2%): 발급 기한이 지난 후 해당 공급 시기가 속하는 과세기간의 확정신고 기한까지도 발급하지 않은 경우

따라서 수정세금계산서로 삭제 처리를 하더라도, 당초 세금계산서가 발급 기한을 넘겨 발급되었거나 발급되지 않았던 사실에 대해서는 위 기준에 따라 공급가액의 1% 또는 2%에 해당하는 가산세가 부과됩니다. 다만, 착오로 인한 기재사항 정정 등 부가가치세법 시행령 제70조에서 정한 적법한 수정세금계산서 발급 사유에 해당하여 발급하는 경우에는 가산세가 발생하지 않으나, 단순히 발급 기한을 넘긴 것을 무마하기 위해 삭제하는 것은 이에 해당하지 않습니다.