중소기업 취업자 소득세 감면 부적격 통지를 받으면 회사는 어떤 조치를 해야 하나요?

중소기업 취업자 소득세 감면 부적격 통지를 받은 원천징수의무자(회사)는 근로자의 재직 여부에 따라 다음과 같은 조치를 취해야 합니다.

1. 근로자가 재직 중인 경우

통지를 받은 날 이후 근로소득을 지급할 때, 당초 원천징수했어야 할 세액과 실제 원천징수한 세액의 차액(미달 금액)에 100분의 105를 곱한 금액을 해당 월의 근로소득 원천징수세액에 더하여 징수해야 합니다.

2. 근로자가 퇴직한 경우

원천징수의무자는 해당 근로자가 퇴직한 사실을 관할 세무서장에게 통지해야 합니다. 이때 '중소기업 취업자 소득세 감면 부적격 대상 퇴직자 명세서'를 작성하여 제출해야 하며, 이후 과소징수된 세액에 100분의 105를 곱한 금액은 근로자의 주소지 관할 세무서장이 해당 근로자에게 직접 부과·징수하게 됩니다.

사후 관리를 위해 감면 신청 시 제출받은 서류와 부적격 통지 내용을 잘 보관하시기 바라며, 관련 절차는 조세특례제한법 제30조 및 관련 시행령에 근거합니다.