수입신고필증이 없더라도 수입세금계산서가 발급되는 경우는 원칙적으로 없으며, 수입세금계산서는 세관장이 수입신고를 수리하는 과정에서 부가가치세를 징수하거나 납부유예를 승인할 때 발급하는 증빙 서류입니다.
수입세금계산서는 수입신고필증에 기재된 내용을 바탕으로 작성되므로, 수입신고필증 없이 수입세금계산서만 별도로 존재할 수는 없습니다. 만약 수입세금계산서를 발급받았음에도 수입신고필증을 소지하고 있지 않다면, 해당 수입신고를 처리한 세관을 통해 수입신고필증을 재발급받거나 확인해야 합니다.
참고로, 여러 사업장을 가진 사업자가 재화를 수입할 때 수입신고필증상의 사업장과 실제 재화를 소비할 사업장이 다른 경우에는, 실제 사용·소비할 사업장 명의로 수입세금계산서를 발급받을 수 있는 예외적인 절차는 존재합니다. 하지만 이 경우에도 수입신고 절차와 수입신고필증은 반드시 수반되어야 합니다.