의료기관이 제약회사로부터 받는 임상시험 용역 대가에 대한 세금 신고는 어떻게 해야 하나요?

의료기관이 제약회사로부터 제공하는 임상시험 용역은 부가가치세 과세대상에 해당하므로, 해당 용역의 공급시기에 맞춰 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고·납부해야 합니다.

기획재정부의 유권해석에 따라 의료기관이 제약사로부터 받는 임상시험 용역 대가는 환자에 대한 진료·치료 용역이 아닌, 의약품 안전성 검사 등을 목적으로 하는 시험용역으로 보아 부가가치세가 과세됩니다. 이에 따라 의료기관은 제약사에 세금계산서를 발급하고, 공급가액의 10%를 부가가치세로 징수하여 신고·납부할 의무가 있습니다.

주요 확인 사항은 다음과 같습니다.

• 과세 적용 시점: 2014년 3월 17일 이후 최초로 체결된 임상시험 용역 계약분부터 적용됩니다.
• 세금계산서 발급: 용역의 공급시기에 맞춰 제약회사에 세금계산서를 발급해야 합니다.
• 매입세액 공제: 제약회사는 의료기관에 지급한 부가가치세를 매입세액으로 공제받을 수 있습니다.

임상시험 용역은 면세 대상인 의료보건 용역과 구분되므로, 부가가치세 신고 시 과세 매출로 포함하여 신고해야 하며, 이를 누락할 경우 가산세 등의 불이익이 발생할 수 있으니 주의하시기 바랍니다.