취득세 감면을 받은 부동산을 정당한 사유 없이 고유목적사업 외의 용도로 사용하는 경우, 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세가 추징될 수 있습니다.
지방세특례제한법상 감면받은 부동산을 취득일부터 일정 기간(보통 3년 또는 5년) 내에 고유목적사업 외의 용도로 사용하거나 매각·증여하는 경우, 그 해당 부분에 대해서는 감면된 세액을 추징하도록 규정하고 있습니다. 특히 귀하의 사례처럼 감면받은 부동산의 일부를 고유목적사업이 아닌 용도로 사용하는 경우, 그 사용 면적에 해당하는 감면 세액이 추징 대상이 됩니다.
추징 시에는 감면받은 세액뿐만 아니라, 취득세 납부기한 다음 날부터 추징 사유 발생일까지의 기간에 대해 대통령령으로 정하는 이자상당액을 가산하여 납부해야 합니다. 다만, 파산 등 법령에서 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 이자상당액이 가산되지 않을 수 있습니다.
따라서 현재 고유목적사업 외로 사용 중인 층에 대해서는 관할 지방자치단체 세무부서에 추징 대상 여부와 구체적인 추징 세액을 확인하시어 자진 신고 및 납부 절차를 진행하시는 것을 권장드립니다.