건설업에서 1기 예정신고 시 면세 매출 비율이 5% 미만이라 매입세액을 전액 공제받았으나, 1기 확정신고 시 면세 매출 비율이 5% 이상이 된 경우, 예정신고 때 공제받은 과세사업 관련 매입세액을 포함하여 공통매입세액 안분계산을 적용해야 하나요?

과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 예정신고 시 면세공급가액 비율이 5% 미만이어 공통매입세액을 전액 공제받았더라도, 확정신고 시 해당 과세기간 전체의 면세공급가액 비율이 5% 이상이 된다면 예정신고 시 공제받은 매입세액을 포함하여 전체 과세기간에 대한 공통매입세액을 다시 안분 계산하여 정산해야 합니다.

부가가치세법상 공통매입세액의 안분 계산은 각 과세기간 단위로 이루어지며, 예정신고 시에는 예정신고기간의 비율로 안분하고 확정신고 시에는 해당 과세기간 전체의 비율을 기준으로 정산하도록 규정되어 있습니다. 따라서 확정신고 시점에 면세비율이 5%를 초과하게 되면, 예정신고 때 공제받았던 매입세액 중 면세사업 관련분만큼을 불공제 매입세액으로 확정하여 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 차감해야 합니다.

다만, 다음의 경우에는 안분 계산을 생략하고 전액 공제받을 수 있습니다.

• 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5% 미만인 경우 (단, 공통매입세액이 500만원 이상인 경우는 제외)
• 해당 과세기간의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우

확정신고 시에는 예정신고분과 확정신고분을 합산한 전체 공통매입세액을 기준으로 정산하므로, 예정신고 때 이미 공제받은 세액을 차감하여 최종적으로 정산할 세액을 계산하시기 바랍니다.