프랜차이즈 본사가 가맹점에 제공하는 상품에 대해서는 원칙적으로 의제매입세액공제를 적용받을 수 없습니다.
의제매입세액공제는 부가가치세가 면제되는 농산물·축산물·수산물·임산물을 직접 공급받아 이를 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에 적용되는 제도입니다. 따라서 가맹점주가 본사로부터 공급받는 상품은 이미 가공된 재화이거나 부가가치세가 과세되는 재화인 경우가 대부분이므로, 면세 농산물 등을 직접 구입하여 사용하는 경우에 해당하지 않아 의제매입세액공제 대상이 아닙니다.
다만, 가맹점주가 본사로부터 공급받는 상품과 별개로, 면세 농산물 등을 농어민이나 면세사업자로부터 직접 구입하여 음식용역 등을 제공하는 경우에는 해당 구입분에 대해 의제매입세액공제를 적용받을 수 있습니다. 이 경우 다음의 요건을 충족해야 합니다.
따라서 본사로부터 매입하는 상품은 일반적인 매입세액 공제(세금계산서 수취분)를 통해 처리해야 하며, 의제매입세액공제는 가맹점주가 직접 구입하는 면세 원재료에 대해서만 별도로 검토하시기 바랍니다.