고속도로 통행료는 운영 주체에 따라 부가가치세 과세 여부가 달라지며, 한국도로공사가 운영하는 고속도로 통행료는 부가가치세가 면제되지만, 민자고속도로 통행료는 부가가치세가 과세됩니다.
한국도로공사 운영 고속도로: 부가가치세가 면제되는 사업에 해당하여 통행료에 부가가치세가 포함되어 있지 않으며, 따라서 매입세액 공제 대상이 아닙니다.
민자고속도로: 부가가치세가 과세되는 사업이므로 통행료에 부가가치세가 포함되어 있습니다. 사업자가 업무용으로 민자고속도로를 이용하고 세금계산서나 부가가치세가 별도로 기재된 신용카드 매출전표를 수취하는 경우 매입세액 공제를 받을 수 있습니다.
다만, 하이패스 이용 시에는 한국도로공사 운영 구간과 민자 구간이 혼재되어 있어 매입세액 공제 적용이 현실적으로 어려울 수 있습니다. 민자고속도로 이용분에 대해 매입세액 공제를 받으려면 해당 사업자에게 세금계산서 발급을 요구하거나, 이용 내역을 구분하여 관리하는 등의 주의가 필요합니다.