근로자가 발생한 연차휴가 일수를 초과하여 사용한 경우, 사용자가 일방적으로 임금에서 이를 공제하는 것은 근로기준법상 '임금 전액지급의 원칙'에 위배되어 위법합니다. 다만, 근로자가 자유로운 의사에 따라 연차 초과 사용분에 대한 임금 공제에 동의하고, 그 동의가 강요에 의한 것이 아님이 객관적으로 인정되는 경우에는 예외적으로 공제가 가능합니다.
향후 분쟁을 방지하기 위해 연차 초과 사용 시 사전에 근로자로부터 임금 공제 동의를 받아두거나, 퇴직 시 정산하는 것에 동의한다는 내용을 명시하는 것이 실무적으로 권장됩니다.
