영세율 거래 시 제출하는 선적확인서와 선적완료증명서는 서로 다른 서류인가요?

외국항행 선박 등에 재화나 용역을 공급하고 영세율을 적용받기 위해 제출해야 하는 법령상 증빙서류는 관할 세관장이 발급하는 '선(기)적완료증명서'입니다. 실무에서 통용되는 '선적확인서'는 세관장이 발급한 공식 증명서와는 별개의 서류일 가능성이 높으므로, 영세율 적용을 위해서는 반드시 세관장으로부터 적법하게 발급받은 서류를 구비해야 합니다.

1. 법령상 증빙서류: 부가가치세법 시행령 제101조에 따라 외국항행 선박 등에 공급하는 재화·용역의 영세율 첨부서류는 관할 세관장이 발급하는 선(기)적완료증명서입니다. 이는 세관의 확인을 거친 공식적인 적재허가서 등을 의미합니다.

2. 선적확인서의 성격: 거래처로부터 받은 '선적확인서'는 해당 업체가 자체적으로 작성하거나 선박 측의 확인을 받은 사적 문서일 수 있습니다. 이는 법령에서 요구하는 세관장 발행 증명서와는 효력이 다르므로, 세무서에서 영세율 입증 자료로 인정하지 않을 수 있습니다.

3. 대처 방안:

   • 거래처에 세관장이 발급한 '선(기)용품 적재허가서' 또는 '선(기)적완료증명서'를 요청하십시오. 해당 서류 하단에는 세관 측과 본선 측의 적재 확인 내용이 기재되어 있어야 합니다.
   • 만약 부득이한 사유로 법령상 서류를 첨부할 수 없는 경우라면, 국세청장이 정하는 지정서류(예: 세관장에게 제출한 적재허가서 등)를 제출해야 합니다.

영세율 첨부서류가 미비할 경우 영세율 적용이 부인되어 매입세액 환급이 불가할 뿐만 아니라, 영세율 과세표준 불성실가산세(과세표준의 0.5%)가 부과될 수 있으니 반드시 세관 확인을 거친 공식 서류를 확보하시기 바랍니다.