임대인이 사업자등록을 하지 않아 세금계산서를 발급할 수 없는 경우, 해당 임대료는 부가가치세 매입세액 공제 대상이 아니므로 부가가치세가 포함되지 않은 금액으로 일반전표에 입력하는 것이 맞습니다.
부가가치세법상 매입세액 공제는 적격증빙(세금계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증 등)을 수취한 경우에 한하여 가능합니다. 임대인이 사업자등록을 하지 않아 세금계산서 발급이 불가능하다면, 매입세액을 공제받을 수 있는 법적 요건을 갖추지 못한 것이므로 부가가치세 신고 시 매입세액 공제 대상에서 제외해야 합니다.
따라서 회계 처리 시에는 다음과 같이 진행하시기 바랍니다.
참고로, 사업과 관련하여 지출한 비용은 적격증빙이 없더라도 실제 지출 사실이 확인되면 소득세법상 필요경비로 인정받을 수 있으나, 부가가치세 매입세액 공제와는 별개의 문제임을 유의하시기 바랍니다.