부가가치세가 면제되는 사업을 하는 면세사업자는 부가가치세법상 매입세액 공제 대상이 아니므로, 세금계산서를 지연 수취하더라도 부가가치세법상 '세금계산서 지연수취 가산세'가 부과되지 않습니다.
부가가치세법상 세금계산서 관련 가산세는 과세사업자가 매입세액 공제를 받기 위해 세금계산서를 수취하는 과정에서 발생하는 의무 위반에 대해 부과되는 것입니다. 면세사업자는 애초에 부가가치세 매입세액을 공제받을 수 없는 사업자이므로, 세금계산서 수취 시기나 지연 여부와 관계없이 부가가치세법상의 가산세 규정이 적용되지 않습니다.
다만, 면세사업자라 하더라도 소득세법 또는 법인세법에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출해야 하는 의무가 있는 경우에는 해당 합계표를 제출하지 않거나 사실과 다르게 기재하여 제출할 경우 공급가액의 0.5%에 해당하는 '매입처별 세금계산서합계표 불성실 가산세'가 부과될 수 있습니다. 따라서 세금계산서 수취 자체에 대한 가산세는 없으나, 합계표 제출 의무를 이행하지 않을 경우 발생하는 별도의 가산세에는 주의가 필요합니다.