기업부설연구소는 별도의 사업자등록 대상이 아니며, 사업자등록증상에 기재되지 않는 것이 일반적입니다.
사업자등록은 부가가치세법상 사업자 또는 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소를 기준으로 합니다. 따라서 연구소가 거래와 관련하여 계약, 대금결제, 재화의 직접 인도 등을 수행하지 않고 단순한 연구개발 활동만을 전담하는 장소라면 별도의 사업자등록 의무가 없습니다. 이러한 경우 연구소는 본점의 사업자등록을 통해 관리하며, 각종 증빙 서류 또한 본점 명의로 수취하는 것이 원칙입니다.
다만, 연구소가 독립적인 거래를 수행하는 등 사업장 요건을 갖춘 경우에는 신청에 의해 별도의 사업자등록을 할 수 있습니다. 기업부설연구소 인증은 기술개발을 촉진하기 위한 제도일 뿐, 그 자체로 사업자등록 여부를 결정하는 요건은 아닙니다.