특수관계 법인 간 지급보증 시 보증수수료 산정은 정상가격에 따라 결정됩니다. 즉, 독립된 제3자 간의 거래에서 적용되는 가격을 기준으로 합니다. 만약 수수료를 받지 않았다면, 이는 부당행위계산으로 간주될 수 있으며, 국세청은 수수료를 수취한 것으로 보고 과세 조정할 수 있습니다. 이때, 보증수수료는 차입금리 인하분 등을 고려하여 산정하며, 구체적인 산정 방법은 OECD 이전가격 가이드라인을 참고할 수 있습니다.
다만, 재정경제부 예규(국제조세과-115, 2003.12.18.)에 따르면, 예규 생산일 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용됩니다.