주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역은 부가가치세가 면제되므로, 주택 임대와 관련하여 받는 보증금에 대해서는 부가가치세가 과세되지 않습니다.
부가가치세법상 주택의 임대 용역은 면세 대상에 해당하며, 이에 따라 주택 임대보증금에 대한 간주임대료 역시 부가가치세 과세표준에 포함되지 않습니다. 다만, 상가 등 과세되는 부동산을 임대하고 받는 보증금에 대해서는 일정 계산식에 따라 산출한 간주임대료가 부가가치세 과세표준에 포함되어 과세됩니다.
참고로, 주택과 상가 등 과세되는 부동산을 함께 임대하여 그 구분이 불분명한 경우에는 면적 비율 등을 고려하여 과세 대상 임대료를 안분 계산해야 할 수 있습니다.