세금계산서는 재화나 용역을 실제로 공급받는 사업자의 사업자등록번호로 발급받아야 하므로, 해당 주유소가 회사의 직영점이라면 회사의 사업자등록번호로 세금계산서를 발급받아야 합니다.
부가가치세법상 세금계산서는 재화나 용역을 공급받는 자의 사업자등록번호를 기재하여 발급하는 것이 원칙입니다. 주유소가 회사의 직영점으로서 회사의 사업장 중 하나로 운영되고 있다면, 거래의 실질적인 주체인 회사의 명의와 사업자등록번호로 세금계산서를 수취해야 매입세액 공제를 정상적으로 받을 수 있습니다.
사장님 개인 명의로 세금을 납부했더라도, 해당 거래가 회사의 사업과 직접 관련이 있다면 회사의 비용으로 처리하고 회사의 사업자등록번호로 세금계산서를 발급받는 것이 타당합니다. 만약 사장님 개인 명의로 세금계산서를 발급받게 되면, 이는 회사의 매입세액으로 공제받을 수 없으며 추후 세무 처리 시 비용 인정 여부 등에서 문제가 발생할 수 있습니다.
따라서 향후 거래 시에는 반드시 회사의 사업자등록증을 제시하여 회사의 명의로 세금계산서를 발급받으시길 권장합니다.