전자세금계산서 발급세액공제 제도가 직전 연도 공급가액 합계액이 3억원 미만인 영세 개인사업자를 대상으로 적용되는 이유는, 전자적 발급 시스템 도입에 따른 초기 비용 부담을 완화하고 디지털 거래 환경으로의 전환을 유도하기 위한 정책적 인센티브이기 때문입니다.
이미 매출 규모가 큰 사업자나 법인사업자는 전자세금계산서 발급 시스템을 구축하고 운영할 수 있는 충분한 자원과 인프라를 갖추고 있어 제도 정착이 완료된 상태입니다. 반면, 영세한 개인사업자는 전자세금계산서 발급을 위한 시스템 이용료나 인증서 발급 등 추가적인 납세협력비용이 발생할 수 있습니다. 따라서 정부는 이러한 비용 부담을 덜어주고, 영세 사업자까지 거래 투명성을 확보할 수 있도록 발급 건당 200원(연간 100만원 한도)의 세액공제 혜택을 제공하여 자발적인 전자세금계산서 발급을 유도하고 있는 것입니다.
즉, 이 제도는 단순히 투명성을 확보하는 것을 넘어, 영세 사업자가 디지털 세무 환경에 적응할 수 있도록 돕는 '비용 보전 및 유인책'의 성격이 강합니다.