부가가치세 신고 시 매입세액 공제 대상임에도 불구하고 이를 선택적으로 불공제하여 신고한 경우, 법정신고기한이 지난 후에도 관할 세무서장이 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지는 과세표준 수정신고를 통해 매입세액 공제를 적용받을 수 있습니다.
수정신고를 통해 공제받지 못했던 매입세액을 추가로 반영하면 납부할 세액이 줄어들거나 환급세액이 늘어나게 되며, 이 과정에서 당초 신고 시 과소신고가산세 등이 발생했다면 수정신고 시점에 따라 가산세 감면 혜택을 받을 수 있습니다. 다만, 세무조사 착수 등 세무서장이 경정할 것을 미리 알고 있는 경우에는 가산세 감면이 적용되지 않으므로 주의가 필요합니다.
또한, 수정신고 외에도 법정신고기한이 지난 후 5년 이내라면 경정청구를 통해 잘못 신고된 세액의 감액을 요청할 수 있습니다. 경정청구는 과세표준신고서에 기재된 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 세액을 초과하는 경우에 가능하며, 세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 처리 결과를 통지해야 합니다.