계약 해지나 의무 불이행으로 인해 지급하는 위약금, 손해배상금, 페널티 등은 재화나 용역의 공급에 대한 대가가 아니므로 부가가치세 과세 대상이 아니며, 따라서 세금계산서 발급 대상도 아니므로 매입세액 공제를 받을 수 없습니다.
부가가치세 매입세액 공제는 사업자가 자기의 사업을 위하여 재화나 용역을 공급받고 그 대가로 부가가치세를 부담한 경우에만 가능합니다. 계약상 의무 불이행으로 인해 발생하는 위약금이나 손해배상금은 재화나 용역의 공급과 직접적인 관련이 없는 금전적 손실 보전 성격의 지출로 보아 부가가치세법상 과세 대상에서 제외됩니다.
따라서 거래처로부터 페널티 명목으로 대금을 지급받거나 지급할 때 세금계산서를 주고받을 수 없으며, 이를 근거로 매입세액을 공제받는 것 또한 불가능합니다. 다만, 사업과 관련하여 발생한 손해배상금 등은 법인세나 소득세 계산 시 필요경비(손금) 산입 여부를 별도로 검토해야 할 수 있습니다.