세무조사 결과가 각각 다르게 진행 중인 경우, 추징이 확정된 건은 고지된 기한 내에 납부해야 하며, 결과가 나오지 않은 건은 과세관청의 조사 및 통지 절차를 기다려야 합니다.
추징이 확정된 건: 세무공무원으로부터 조사 결과 통지서와 함께 납부고지서를 받으셨다면, 해당 고지서에 기재된 납부기한까지 세액을 납부해야 합니다. 만약 해당 처분에 불복하고자 한다면, 고지서를 받은 날로부터 90일 이내에 이의신청, 심사청구 또는 심판청구를 제기할 수 있습니다.
결과가 나오지 않은 건: 세무조사가 진행 중인 경우, 관할 세무서장은 조사를 마친 날부터 20일(특수한 경우 40일) 이내에 조사 결과를 서면으로 통지해야 합니다. 결과 통지를 받기 전까지는 해당 세목에 대한 과세표준과 세액이 확정되지 않은 상태이므로, 별도의 조치를 취하기보다는 관할 세무서 담당 조사관을 통해 진행 상황을 확인하시는 것이 좋습니다.
주의사항: 두 건이 서로 연관된 세목이거나 과세기간이 연결되어 있다면, 추후 결과가 나오지 않은 건의 조사 결과에 따라 이미 납부한 세액에 대한 경정청구(세금을 돌려받는 절차)가 필요할 수도 있습니다. 또한, 세무조사 결과 통지 전이라도 과세예고통지를 받게 된다면, 통지를 받은 날로부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구하여 과세의 적법성을 미리 다툴 수 있습니다.