해외구매대행 사업자가 자기의 계산과 책임하에 물품을 매입하여 공급하는 경우에는 전체 금액이 공급가액이 되며, 단순히 구매를 대행하고 수수료만 받는 경우에는 대행수수료가 공급가액이 됩니다. 매입세액 공제는 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액에 한하여 적용됩니다.
매입세액 공제 여부는 거래의 실질(단순 대행인지, 자기 책임하의 매입인지)과 사업 관련성, 적격증빙 구비 여부에 따라 달라지므로, 구체적인 거래 형태에 따른 증빙 관리가 중요합니다.