통합고용세액공제 적용 후 상시근로자 수 감소로 인한 추징세액이 발생한 경우, 기존에 공제받지 못하고 이월된 세액공제액이 있다면 이를 먼저 차감한 후 남은 금액을 소득세 또는 법인세로 납부해야 합니다.
조세특례제한법 제29조의8 제2항에 따르면, 통합고용세액공제를 받은 내국인이 사후관리 기간 중 상시근로자 수 감소 등으로 추징 사유가 발생하면, 공제받은 세액에 상당하는 금액을 납부해야 합니다. 이때 '제1항에 따른 공제금액 중 제144조에 따라 공제받지 못하고 이월된 금액이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 후의 금액'을 납부하도록 규정하고 있습니다.
따라서 귀하의 경우 다음과 같이 처리됩니다.
이는 고용증대세액공제(조특법 제29조의7)와 달리 통합고용세액공제(조특법 제29조의8)에서 명시하고 있는 사후관리 방식입니다. 다만, 정확한 세액 계산과 신고를 위해 구체적인 감소 인원수와 이월액 잔액을 확인하여 세무 대리인과 함께 신고서를 작성하시길 권장합니다.