법인지방소득세 부과제척기간이 경과하고 국세청으로부터 통보받은 날로부터 2개월의 특례 기간마저 지났다면, 원칙적으로 해당 환급청구권은 소멸시효 완성으로 인해 환급받기 어렵습니다.
지방세 환급금에 관한 납세자의 권리는 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 않으면 시효로 인해 소멸합니다. 다만, 국세청으로부터 소득세 또는 법인세 환급 통보를 받은 경우에는 그 통보를 받은 날부터 소멸시효가 기산되는 특례가 적용됩니다. 귀하의 사례처럼 국세청 통보일로부터 2개월의 경정 처리 기한이 지났고, 이후 5년의 소멸시효 기간까지 도과하였다면 법적으로 환급을 강제할 수 있는 권리는 소멸한 것으로 보아야 합니다.
지자체 담당자의 착오로 환급이 지연되었다 하더라도, 소멸시효는 법률상 권리 행사의 기간을 제한하는 강행규정이므로 담당자의 과실 여부와 관계없이 시효가 완성되면 환급 의무가 사라집니다. 따라서 현재 시점에서 해당 환급금을 청구하는 것은 법령상 근거를 찾기 어렵습니다.