세무조사 시 예정면적비율을 인정하지 않고 공급가액비율로만 처리해야 한다는 주장에 대해 어떻게 대응해야 하나요?

건물 신축 시 예정사용면적비율을 적용하여 공통매입세액을 안분계산한 경우, 과세당국이 이를 부인하고 공급가액비율로 강제하는 것은 법령상 근거가 부족하며, 적법한 절차에 따라 안분계산했다면 이를 방어할 수 있습니다.

부가가치세법령에 따르면 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업 등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 공급가액비율보다 예정사용면적비율을 우선하여 적용하도록 규정하고 있습니다. 따라서 사업자가 신축 당시 객관적인 사업계획서나 건축물대장 등을 통해 예정사용면적을 구분할 수 있었다면, 예정사용면적비율을 적용하는 것이 법령에 부합하는 정당한 방법입니다.

세무조사 대응 시 다음 사항을 확인하여 소명하시기 바랍니다.

• 객관적 증빙 확인: 신축 당시 작성된 사업계획서, 건축물대장, 설계도면 등 예정사용면적을 구분할 수 있는 객관적인 자료가 존재하는지 확인하십시오. 이러한 자료가 있다면 예정사용면적비율 적용의 정당성을 입증할 수 있습니다.
• 법령 우선순위 주장: 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 단서에 따라, 건물 신축 시 예정면적 구분이 가능한 경우 공급가액비율보다 예정사용면적비율을 우선 적용해야 함을 강조하십시오.
• 정산 절차 준수: 예정사용면적비율을 적용했다면, 이후 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 실제 사용면적비율로 정산해야 합니다. 이 정산 절차를 적법하게 이행했는지 점검하십시오.

만약 과세당국이 예정사용면적비율 자체를 인정하지 않는다면, 해당 비율 산정의 근거가 된 자료의 객관성이나 신뢰성에 이의를 제기하는 것일 가능성이 높습니다. 이 경우 해당 자료가 신축 당시의 실제 계획과 일치함을 입증하는 것이 핵심입니다.