보험사고 차량 수리비에 포함된 부가가치세의 지급 여부는 보험회사와 피보험자 간의 보험계약 내용 및 합의에 따라 결정되는 사항입니다.
보험회사가 부가가치세를 별도로 지급하지 않더라도, 자동차 정비사업자는 실제 자기 책임하에 수리 용역을 제공받는 자(차량 소유자 등)에게 세금계산서를 발급해야 하며, 해당 과세기간의 전체 공급가액을 기준으로 부가가치세를 신고·납부할 의무가 있습니다.
즉, 보험금 내 부가가치세 포함 여부는 거래 당사자 간의 합의 사항일 뿐, 정비사업자의 세금계산서 발급 의무나 부가가치세 신고 의무와는 별개의 문제입니다. 따라서 보험회사가 부가가치세를 지급하지 않는 경우에도 정비사업자는 실제 용역 제공 사실에 근거하여 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고해야 합니다.