종교인 소득에 대한 연말정산은 종교단체가 선택할 수 있는 사항으로, 필수 의무는 아닙니다.
종교단체가 연말정산을 실시하고자 하는 경우에는 해당 과세기간 종료일인 12월 31일까지 관할 세무서장에게 '종교인소득세액연말정산신청서'를 제출해야 합니다. 연말정산을 실시하지 않기로 선택한 경우에는 종교인이 다음 해 5월 31일까지 직접 종합소득세 확정신고를 해야 합니다.
연말정산 여부와 관계없이 종교단체는 다음 해 3월 10일까지 지급명세서를 관할 세무서에 제출해야 할 의무가 있습니다. 만약 매월 종교인 소득을 지급하면서 원천징수를 하지 않은 경우에는 연말정산을 할 수 없으며, 이 경우 종교인이 개별적으로 종합소득세 확정신고를 해야 합니다.