공장에서 출고되는 제품의 매출세금계산서를 계속해서 본점에서 발급하고 있는데, 이는 적절한 처리인가요?

법인사업자가 본점에서 계약을 체결하고 지점(공장)에서 재화를 공급하는 경우, 세금계산서는 실제 재화를 공급하는 사업장인 공장 명의로 발급하는 것이 원칙입니다. 본점에서 일괄적으로 계약과 대금 결제를 처리하더라도, 부가가치세법상 세금계산서는 재화가 실제로 인도되는 사업장에서 발급해야 거래 사실과 세금계산서상 공급자가 일치하게 됩니다.

현재 본점에서 세금계산서를 발급하고 계신 상황은 실질적인 공급 사업장과 세금계산서상 공급자가 달라 세무상 적절하지 않을 수 있습니다. 다만, 본점과 지점 등 2 이상의 사업장이 있는 법인사업자가 본점에서 계약·발주·대금지급 등의 거래를 총괄하고 재화는 지점에서 공급받는 경우라면 본점 또는 지점 어느 쪽에서도 발급받을 수 있다는 예외적인 해석도 존재합니다. 그러나 귀사의 사례처럼 '공장에서 출고되는 제품'을 공급하는 경우에는 실제 재화를 인도하는 공장을 공급자로 하여 발급하는 것이 가장 명확한 처리 방법입니다.

향후 세무 리스크를 방지하기 위해서는 실제 재화가 인도되는 공장 사업장 명의로 세금계산서를 발급하도록 업무 프로세스를 조정하시는 것을 권장드립니다.