원천징수의무자가 근로소득에 대한 원천징수를 하지 않았거나 연말정산을 누락한 경우, 근로자는 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 주소지 관할 세무서에 종합소득세 과세표준 확정신고를 하여 직접 세금을 납부할 수 있습니다.
원천징수의무자가 연말정산을 하지 않은 경우, 해당 근로자는 종합소득세 확정신고 의무가 발생하며, 이 과정에서 누락된 소득·세액공제 항목을 반영하여 정당한 세액을 계산해 신고·납부하면 됩니다. 만약 원천징수의무자가 연말정산을 완료했으나 근로자가 소득·세액공제를 누락한 경우라면, 납부기한 경과 후 5년 이내에 경정청구를 통해 추가로 공제를 받을 수 있습니다.
다만, 원천징수의무자가 원천징수해야 할 세액을 징수하지 아니하여 세무서장이 고지결정한 세액을 납부하지 않은 경우 등 일부 상황에서는 해당 세액을 기납부세액으로 공제받지 못할 수 있습니다. 또한, 근로자가 부당한 방법으로 소득공제를 하여 과소신고한 경우에는 가산세가 부과될 수 있으므로 주의가 필요합니다.