세무서에서 토지 관련 매입세액을 불공제(매출세액에서 공제하지 않음)하는 이유는 부가가치세법상 토지의 공급이 면세 대상이기 때문입니다. 부가가치세는 과세사업을 위해 사용된 재화나 용역의 매입세액을 공제해 주는 제도인데, 토지는 그 자체로 면세 재화이므로 토지 취득이나 조성에 들어간 비용은 과세사업과 직접적인 관련이 없는 것으로 보아 매입세액 공제를 허용하지 않습니다.
세무서에서 언급하는 '토지 관련 매입세액'은 구체적으로 다음과 같은 경우를 포함합니다.
따라서 사업자등록 여부나 전문 면허 보유 여부와 관계없이, 사업자가 지출한 비용이 위와 같이 토지의 취득원가를 구성하거나 토지의 가치를 높이는 자본적 지출에 해당한다면 해당 매입세액은 공제받을 수 없습니다. 다만, 건물 신축을 위한 터파기 공사비나 건물 주변 조경 공사비 등 토지와 구분되는 감가상각자산(건물, 구축물)과 관련된 비용은 토지 관련 매입세액으로 보지 않아 공제가 가능할 수 있으니, 지출 항목별로 성격을 명확히 구분하여 검토하시기 바랍니다.