건설업 면허 보유 여부와 관계없이, 주택 신축 과정에서 발생한 비용이 토지의 취득원가를 구성하거나 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 자본적 지출에 해당한다면 해당 매입세액은 공제받을 수 없습니다.
부가가치세법상 토지의 공급은 면세 대상이므로, 토지의 조성이나 취득과 관련된 매입세액은 과세사업과 직접적인 관련이 없는 것으로 보아 매출세액에서 공제하지 않습니다. 귀하께서 주택을 신축하면서 지출한 비용 중 다음과 같은 항목은 토지 관련 매입세액으로 분류되어 불공제될 가능성이 높습니다.
반면, 건물 신축을 위한 터파기 공사비, 건물 주변 조경 공사비, 또는 토지와 구분되는 감가상각자산인 구축물(옹벽, 석축, 하수도 등) 공사비는 토지 관련 매입세액으로 보지 않아 공제가 가능할 수 있습니다.
따라서 세무서에서 불공제 의견을 제시했다면, 해당 비용이 토지의 가치를 높이는 자본적 지출인지 아니면 건물 신축을 위한 직접적인 공사비인지 항목별로 명확히 구분하여 소명하시기 바랍니다. 특히 주택신축판매업을 영위하는 경우, 건설업 면허 보유 여부와 무관하게 자기 책임과 계산하에 도급을 주어 주택을 신축·판매하는 소득에 대해서는 토지등 양도소득에 대한 추가과세가 적용되지 않는 등 세무상 혜택이 있으나, 부가가치세 매입세액 공제 여부는 별도의 지출 성격에 따라 판단됨을 유의하시기 바랍니다.