최저한세가 적용되는 감면·공제와 최저한세가 적용되지 않는 감면·공제가 동시에 적용되는 경우, 최저한세가 적용되는 감면·공제를 먼저 적용합니다.
법인세 및 개인지방소득세 계산 시 감면과 세액공제가 동시에 적용될 때의 일반적인 적용 순서는 다음과 같습니다.
다만, 위와 같은 일반적인 적용 순서와 별개로, 최저한세 제도가 적용되는 경우에는 해당 제도의 취지에 따라 최저한세 적용 대상인 감면·공제를 우선적으로 적용하여 최저한세액 미달 여부를 판정합니다. 만약 최저한세 적용 대상 감면·공제를 적용한 후의 세액이 최저한세액에 미달한다면, 그 미달하는 세액에 상당하는 부분만큼은 감면·공제가 배제됩니다.
이때 경정 등으로 인해 감면을 배제해야 하는 경우, 법령에서 정한 순서(손금산입 및 익금불산입 → 세액공제 → 세액감면 → 소득공제 및 비과세 순)에 따라 순차적으로 배제하여 세액을 계산하게 됩니다.