1기 확정 부가세 신고 기간 이후 착오에 의한 이중발급으로 수정세금계산서를 발급하여 매입세액이 감소한 경우, 기존 신고와 수정 신고 모두 환급세액이 발생하더라도 수정세금계산서에 대한 가산세가 부과되나요?

착오에 의한 이중발급으로 수정세금계산서를 발급하여 매입세액이 감소하는 경우, 적법한 사유와 절차에 따라 수정세금계산서를 발급하였다면 세금계산서 발급 자체에 대한 가산세는 발생하지 않습니다.

다만, 수정세금계산서 발급으로 인해 당초 신고한 매입세액이 감소하여 결과적으로 환급받을 세액이 줄어들거나 납부할 세액이 늘어나는 등 부가가치세 신고 내용에 변동이 생긴다면, 이는 과소신고·초과환급신고가산세 및 납부지연가산세의 대상이 될 수 있습니다.

구체적인 판단 기준은 다음과 같습니다.

1. 세금계산서 관련 가산세: 「부가가치세법 시행령」 제70조에 따른 적법한 수정세금계산서 발급 사유(착오에 의한 이중발급 등)에 해당하고, 세무조사 통지 등 경정이 있을 것을 미리 알지 못한 상태에서 발급하였다면 세금계산서 관련 가산세는 부과되지 않습니다.
2. 과소신고·초과환급신고가산세: 수정세금계산서 발급으로 인해 당초 신고한 환급세액이 과다하게 신고된 것으로 확인된다면, 해당 초과 환급신고분에 대하여 가산세가 부과될 수 있습니다. 다만, 법정신고기한 경과 후 수정신고를 하는 경우 신고 시점에 따라 가산세의 10%에서 90%까지 감면받을 수 있습니다.
3. 납부지연가산세: 수정신고로 인해 추가로 납부해야 할 세액이 발생하거나 환급세액이 줄어드는 경우, 당초 납부기한 다음 날부터 수정신고·납부일까지의 기간에 대해 납부지연가산세가 적용됩니다.

따라서 환급세액이 줄어드는 결과가 발생한다면, 가산세 감면을 위해 최대한 신속하게 수정신고를 진행하시는 것을 권장드립니다.