세무조사 및 조세소송에서 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있으나, 납세의무의 조각이나 소멸 등 예외적인 경우에는 납세자에게 입증책임이 있습니다.
과세처분의 근거가 되는 과세원인, 과세표준, 세액 등 과세요건 사실에 대해서는 과세관청이 입증책임을 집니다. 과세관청은 질문검사권 등을 통해 과세자료를 수집할 권한이 있으므로, 처분의 적법성을 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 입증해야 합니다.
다음과 같은 경우에는 납세자가 그 사실을 입증해야 합니다.
조세법률관계의 특수성으로 인해 과세관청이 과세요건 사실을 뒷받침하는 간접적인 사실을 밝혀내어 합리적인 추정이 가능한 경우에는, 납세자가 그 증명력을 탄핵할 별도의 사정을 입증하지 못하면 과세처분이 정당한 것으로 인정될 수 있습니다. 즉, 과세관청이 일응의 입증을 마치면 그에 대한 반대 입증 부담은 납세자에게 돌아가게 됩니다.