올해 2월 폐업 시 포괄양도양수를 진행했으나 지인 간 거래라 계약서를 작성하지 않았고 세무사도 추후 작성해도 된다고 하는데, 향후 문제가 발생할 가능성이 있나요?

사업의 포괄적 양수도 계약서를 사전에 작성하지 않았더라도, 실질적으로 사업장별로 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계했다면 사업의 양도로 인정받을 수 있습니다. 다만, 세무상 포괄양수도 여부가 불분명하거나 추후 과세당국으로부터 소명 요청이 있을 때 계약서가 없다면 입증에 어려움을 겪을 수 있으므로 주의가 필요합니다.

포괄양수도 입증의 중요성

부가가치세법상 사업의 포괄적 양수도는 재화의 공급으로 보지 않아 부가가치세가 과세되지 않습니다. 하지만 계약서가 없는 상태에서 과세당국이 이를 일반적인 재화의 공급(매매)으로 판단할 경우, 양도인은 부가가치세를 징수하여 납부하지 않은 것에 대해 가산세 등의 불이익을 받을 수 있고, 양수인은 매입세액 공제를 받지 못하는 문제가 발생할 수 있습니다.

향후 발생 가능한 문제 및 대응 방안

1. 계약서의 사후 작성: 계약서는 거래 당시의 사실관계를 증명하는 문서이므로, 지금이라도 당시의 거래 내용을 반영하여 양도인과 양수인이 합의한 포괄양수도 계약서를 작성해 두는 것이 좋습니다. 이는 추후 세무조사나 소명 요청 시 중요한 증빙 자료가 됩니다.
2. 실질적 승계 여부 확인: 계약서 유무보다 중요한 것은 '실질적인 포괄 승계' 여부입니다. 사업장별로 자산, 부채, 인적·물적 시설이 모두 승계되었는지, 경영 주체만 변경되고 사업의 동일성이 유지되었는지가 핵심입니다.
3. 대리납부 제도 활용: 만약 포괄양수도 해당 여부가 불분명하여 향후 세무 리스크가 우려된다면, 양수인이 부가가치세를 대리납부하는 제도를 활용할 수 있습니다. 이 경우 거래가 포괄양수도로 인정되더라도 양수인은 매입세액 공제를 받을 수 있어 리스크를 줄일 수 있습니다.

유의사항

• 세무서 소명 요청 시: 과세당국에서 사업 양도 여부를 확인하기 위해 소명 요청이 올 수 있습니다. 이때 계약서가 없으면 사업의 포괄적 승계 사실을 입증하기 매우 어렵습니다.
• 가산세 위험: 실질적인 포괄양수도임에도 불구하고 계약서 미비로 인해 과세당국이 이를 일반 거래로 보아 세금계산서 미발급 등으로 판단할 경우, 양도인과 양수자 모두에게 가산세가 부과될 수 있습니다.

따라서 지금이라도 당시의 거래 내용을 구체적으로 기재한 포괄양수도 계약서를 작성하여 양 당사자가 날인해 보관하시고, 폐업 시 제출했던 사업양도신고서 등 관련 서류를 다시 한번 점검하시기 바랍니다.