올해 2월 폐업 시 포괄양도양수 계약서 미작성 및 사업양도신고서를 제출하지 않았는데, 추후 부가가치세나 종합소득세 관련 세금 문제가 발생할 가능성이 있나요?

사업의 포괄적 양수도 계약서와 사업양도신고서를 제출하지 않았더라도, 실질적으로 사업장별로 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계했다면 사업의 양도로 인정받을 수 있으나, 입증 자료가 부족할 경우 추후 과세당국으로부터 일반적인 재화의 공급으로 간주되어 부가가치세가 과세될 위험이 있습니다.

향후 발생 가능한 세무 리스크

• 부가가치세 과세 위험: 과세당국이 해당 거래를 포괄양수도가 아닌 일반적인 재화의 공급(매매)으로 판단할 경우, 양도인은 매출세액을 징수하여 납부하지 않은 것으로 보아 부가가치세 본세와 함께 가산세가 부과될 수 있습니다.
• 매입세액 공제 문제: 양수인이 사업을 인수하며 부담한 매입세액을 공제받지 못하는 상황이 발생할 수 있습니다.
• 입증 책임: 계약서나 신고서 등 객관적인 증빙이 없는 상태에서 세무조사나 소명 요청이 올 경우, 사업의 동일성을 입증하기 매우 어려워 세금 부담이 커질 수 있습니다.

대응 방안

1. 사후 계약서 작성: 지금이라도 당시의 거래 내용을 구체적으로 반영한 '사업 포괄양수도 계약서'를 작성하여 양 당사자가 날인해 보관하십시오. 이는 추후 소명 시 가장 중요한 증빙 자료가 됩니다.
2. 실질적 승계 확인: 사업장별로 자산, 부채, 인적·물적 시설이 모두 승계되었는지, 경영 주체만 변경되고 사업의 동일성이 유지되었는지 다시 한번 확인하십시오.
3. 세무 전문가 상담: 현재 상황에서 세무서의 소명 요청이 올 경우를 대비하여, 당시 거래의 실질을 입증할 수 있는 자료(임대차 계약 승계 내역, 사업자등록 변경 내역 등)를 미리 정리해 두는 것이 좋습니다.

종합소득세는 사업 폐업 시점까지의 소득을 다음 해 5월에 신고·납부하는 것이므로, 이번 부가가치세 관련 소명 과정에서 수입금액이 조정될 경우 종합소득세 수정신고가 필요할 수도 있습니다.