종합소득세 기한후신고 후 별도 통지가 없다면 90일 이내에 결정이 완료된다는 의미인가요?

기한 후 신고에 대한 결정 기한인 3개월(약 90일)이 지났다고 해서 자동으로 결정이 완료되는 것은 아니며, 과세관청이 결정 통지를 하지 않는 상태는 법적으로 '결정이 완료된 상태'가 아니라 '결정 처분을 하지 않은 부작위 상태'로 봅니다.

관할 세무서장은 기한 후 신고를 받은 날부터 3개월 이내에 과세표준과 세액을 결정하여 통지해야 할 의무가 있으나, 실무상 조사 지연 등 부득이한 사유로 이 기한을 넘기는 경우가 발생합니다. 이때의 핵심 내용은 다음과 같습니다.

• 결정 기한의 의미: 법령상 3개월은 과세관청이 결정 처분을 완료해야 하는 '행정적 처리 기한'이지, 이 기간이 경과했다고 해서 신고 내용이 그대로 확정되거나 결정이 자동으로 이루어지는 것은 아닙니다.
• 부작위 상태의 의미: 3개월이 경과했음에도 결정 통지나 지연 사유에 대한 안내가 없다면, 이는 과세관청이 마땅히 해야 할 처분을 하지 않고 있는 '부작위' 상태에 해당합니다.
• 권리 구제: 최근 조세심판원과 대법원 판례는 이러한 부작위로 인해 납세자가 불복 절차를 이용할 수 없는 불이익을 받는 것을 부당하다고 보아, 심판청구 등을 통해 권리 구제를 받을 수 있는 길을 열어두고 있습니다.

따라서 90일이 지났다고 해서 결정이 완료되었다고 단정할 수 없으며, 오히려 과세관청의 행정 처리가 지연되고 있는 상황으로 보아야 합니다. 현재 세무서로부터 아무런 연락을 받지 못했다면, 담당 조사관에게 직접 진행 상황을 확인하시고, 장기간 방치될 경우 조세심판청구 등 불복 절차를 통해 공식적인 결정이나 처분을 이끌어내는 방안을 검토하시기 바랍니다.