비영리단체라 하더라도 사업상 독립적으로 부가가치세가 과세되는 재화나 용역을 계속적·반복적으로 공급하는 경우에는 부가가치세 납세의무자에 해당하여 부가가치세를 신고·납부해야 합니다.
부가가치세법상 '사업자'는 사업 목적이 영리인지 비영리인지와 관계없이 부가가치를 창출할 수 있는 정도의 사업 형태를 갖추고 재화 또는 용역을 공급하는 자를 의미합니다. 따라서 비영리법인이나 단체가 수익사업을 영위하며 과세대상 재화·용역을 공급한다면, 영리법인과 동일하게 부가가치세 납세의무가 발생합니다.
다만, 다음과 같은 경우에는 부가가치세 납세의무가 없거나 면제될 수 있습니다.
비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우 전자계산서 발급 의무가 있으며, 이를 위반할 경우 가산세가 부과될 수 있으므로 주의가 필요합니다. 구체적인 사업 내용이 과세대상인지, 면세 범위에 해당하는지는 해당 사업의 성격과 실질적인 운영 형태에 따라 달라질 수 있습니다.