지방소득세 특별징수분은 사업자단위과세제도를 적용받더라도 광역시·특별시·도별로 묶어서 납부할 수 없으며, 소득이 발생한 근무지(사업장)를 관할하는 각 지방자치단체에 개별적으로 신고·납부해야 합니다.
지방소득세는 국세와 달리 각 지방자치단체의 독립적인 재정권에 근거하여 운영되므로, 국세인 소득세나 법인세의 원천징수 사무를 본점에서 일괄 처리하더라도 지방소득세는 소득의 지급지를 관할하는 지방자치단체별로 각각 납부하는 것이 원칙입니다. 따라서 사업자단위과세 사업자라 하더라도 종된 사업장에서 근로소득이 발생한다면, 해당 사업장 소재지 관할 지자체에 특별징수분을 별도로 신고하고 납부해야 합니다.